两个等位基因的本质区别主要在于它们的遗传信息不同。等位基因是指位于同源染色体相同位置上，控制同一性状的不同表现形式的基因。以下是一些具体的区别点：
1. **遗传信息**：每个等位基因包含的DNA序列不同，这决定了它们编码的蛋白质可能不同，进而影响生物体的特定性状。
2. **表现型**：由于遗传信息不同，等位基因在表现型上可能表现为不同的表型特征。例如，一个等位基因可能编码红色花瓣，而另一个等位基因可能编码白色花瓣。
3. **控制性状的方式**：等位基因可能会影响同一性状的不同方面，比如显性等位基因可能会表现出显性性状，而隐性等位基因则在杂合子状态下不表现，只在纯合子状态下表现。
4. **遗传规律**：等位基因遵循孟德尔遗传定律，它们在减数分裂时可以独立分离和组合。
5. **基因座位**：等位基因位于同源染色体的同一位置，这意味着它们控制的是同一基因位点上的性状。
因此，当说一个基因座位存在两种以上等位基因时，意味着这个基因位点可以有不同的版本，这些版本在遗传信息上有所不同，并且可能导致不同的性状表现。
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